「Movable Type 4.2以降では、RSS 2.0のテンプレートが廃止されています。」とどこかの記事に書いてあったので、確認をしてみました。
ダッシュボード→デザイン→テンプレート→インデックステンプレートで表示させると、テンプレート名：RSS；出力ファイル名：rss.xmlとなっていました。
「廃止されてるの？ ファイル名は変わったけどRSSは残ってるんですけど・・・」少し調べてみると、「MT4ブログのテンプレート調整(www.mtde.info/0320upmt3tomt4a/)」にわかりやすくまとめられていましたので、引用します。
Movable Type 3の頃は存在したindex.xmlが、rss.xmlと名称変更されています。そのままでは、以前のサイトのindex.xmlを受け取って購読していたユーザや、フィード情報を受け取っていたブログサービスなどへ、サイトの情報を反映できなくなります。Movable Type 3のindex.xmlとMovable Type 4のrss.xmlのファイルは、docsタグで囲まれたURL（RSS 2.0 Specification）の相違、MTEntryBodyファンクションタグでのconvert_breaksモデファイアの有無が相違点です。rssテンプレートの内容をコピーしてrss2.0legacy（名前は何でもよい）などというテンプレート（出力ファイル名はindex.xml）を作成し、サイドバーへ追加でindex.xmlへのリンクを貼る、などという対策を講じてもよいでしょう。
なるほど、そういうことだったんですね、廃止されたっていうのは。たしかに、サイドバーの「このブログを購読」もatom.xmlへのリンクになっていますね。「このブログを購読」を「Atom」に変えて、「RSS2.0」としてindex.xmlへのリンクを追加すればいいのですね。
（アップグレードで精一杯の自分としては、なかなかこういうカスタマイズまで手が回りません。時間をかけてきっちり理解をしてから今回の作業を行おうと思っています。）